Direktøren har ansvaret for den daglige administrative, personalmessige og faglige ledelsen av NIM innenfor de rammer som styret fastsetter. Adele Matheson Mestad er konstituert direktør fra 1. oktober 2018. Hun har vært assisterende direktør siden institusjonen ble operativ i 2016. Som en del av NIMs ledelse har hun jobbet mye med strategi og institusjonell utvikling, og har i tillegg hatt ansvar for faglig kvalitetssikring.

Adele Matheson Mestad er utdannet jurist ved Universitetet i Oslo og har senere tatt en LL.M. i International legal studies ved New York University (NYU). Hun har ti års bakgrunn som advokat hos Regjeringsadvokaten, med møterett for Høyesterett siden 2013. Hun har ellers jobbet i påtaleenheten for Rwandadomstolen, er oppnevnt mekler hos Riksmekleren og hadde fra januar til mars 2018 permisjon for å gå sjefskurset ved Forsvarets høgskole.

Matheson Mestad etterfulgte Petter Wille (f. 1949), som i 2016 ble oppnevnt av Stortinget som NIMs første direktør for en periode på seks år. Wille fratrådte i 2018. Direktørens ansvarsoppgaver er nærmere fastsatt i Lov om Norges nasjonale institusjon for menneskerettigheter og instruksen for NIM.